Dienstag, 29. Dezember 2009

Gefälschte oder zurückgezogene Artikel, manipulierte Daten und schlechte Wissenschaft - ein Rückblick auf das Jahr 2009.

Unter der Überschrift "2009: A Year for Faked Science" findet man auf dem Blog "Carbon Based Curiosities" eine Zusammenstellung schlechter Wissenschaft aus dem abgelaufenen Jahr. Hier einige Tiefpunkte daraus:
  • 12 häufig zitierte Proteinstrukturen aus der PDB wurden zurückgezogen, aus verschiedenen Gründen die hier aufgelistet sind.
  • Zwei Artikel aus Science und JACS von der Arbeitsgruppe um Peter Schultz vom Scripps Research Institute in La Jolla, Californien wurden zurückgezogen. Der Sachverhalt wurde in Science erwähnt, fand deutlichere Kommentare in verschiedenen Blogs (Everyday Scientist, Thescientist.com/blog) und es gibt auch einen aufschlussreichen Insiderbericht. Der 2004 veröffentlichte Artikel wurde bis vor kurzem von Kollegen als wissenschaftlicher Durchbruch bezeichnet. Mit Hilfe der darin beschriebenen Methode sollte es möglich sein, Zucker an genau definierte Stellen von Proteinen zu befestigen. Die Methode bestand darin, eine Transfer-RNA herzustellen, die selektiv eine modifizierte Aminosäure bindet. Diese Aminosäure enthält bereits das Zuckermolekül und sollte während der Proteinsynthese in E. coli in das Protein mit eingebaut werden.
  • Mehr als 70 Kristallstrukturen in Acta Crystallographica C und E wurden zurückgezogen! Von zwei Arbeitsgruppen wurden von tatsächlich existierenden Strukturen Atome ersetzt, die Zellkonstanten ein wenig verändert und die so manipulierten Daten als neue Kristallstrukturen veröffentlicht. Die Sache wurde zuerst von Ton Spek entdeckt, als er Prüfprogramme für die Acta Cryst-Zeitschriften testete. Bei den gefälschten Strukturen handelt es sich um organische und metallorganische Verbindungen. Zusammenstellungen der zurückgezogenen Artikel findet man hier und hier.
  • Schließlich wurden im November 2009 vertrauliche E-Mails zwischen dem Leiter der Climatic Research Unit (CRU) der University of East Anglia, Phil Jones, dem an der Pennsylvania State University arbeitenden Michael E. Mann und anderen Klimaforschern von Hackern ins Internet gestellt. Phil Jones und Michael Mann wird aufgrund der E-Mails vorgeworfen, wissenschaftliche Daten manipuliert bzw. geheimgehalten zu haben, sowie Absprachen zur Unterdrückung von Artikeln von Skeptikern der globalen Erwärmung getroffen zu haben. Eine kurze Fassung der Geschehnisse gibt es bei Wikipedia in Deutsch, ausführlichere Informationen in Englisch. Einige Details:
    • "I've just completed Mike's Nature [the science journal] trick of adding in the real temps to each series for the last 20 years (ie, from 1981 onwards) and from 1961 for Keith's to hide the decline." (zitiert nach Telegraph.co.uk) Der Ausschnitt aus der E-mail von Phil Jones vom 16. Nov. 1999 bezieht sich vermutlich auf die Veröffentlichung eines Diagramms der Durchschnittstemperaturen auf der nördlichen Hemisphäre in den letzten tausend Jahrens. Die Kurve ist in die Literatur als "Hockeyschlägerkurve" eingegangen und wird seit längerem heftig diskutiert.
    • "I can't see either of these papers being in the next IPCC report. Kevin and I will keep them out somehow — even if we have to redefine what the peer-review literature is!" (zitiert nach Telegraph.co.uk) In der E-mail von Phil Jones an Michael Mann vom 8. Juli 2004 wird angedeutet, dass wissenschaftliche Artikel mit abweichender Meinungen unterdrückt werden sollen. Dabei handelt es sich vor allem um Artikel die die Existenz einer globalen Erwärmung negieren.
    • "The fact is that we can't account for the lack of warming at the moment and it is a travesty that we can't... Our observing system is inadequate" (zitiert nach Telegraph.co.uk) Die E-mail stammt von Prof. Kevin Trenberth (US National Center for Atmospheric Research) an Michael Mann vom 12 Oktober 2009. Prof. Trenberth scheint ein Hauptargument der Gegner der globalen Erwärmung zu akzeptieren - dass es keinen Beweis dafür gibt, dass die Temperaturen in den letzten zehn Jahren gestiegen sind.

Samstag, 19. Dezember 2009

Das Syntheseportal

Am 11. Dezember habe ich im Blog ja schon einmal laut darüber nachgedacht, ob es zuverlässige Synthesevorschriften für die Anorganische Chemie im Internet gibt. Nicht so richtig, nicht ausreichend oder nicht kostenlos, war die ziemlich unbefriedigende Antwort.

Inzwischen bin ich zu dem Schluss gekommen, dass etwas dagegen getan werden sollte. Ich habe ein Internetportal mit Arbeitsvorschriften für die Synthese anorganischer Verbindungen konzipiert. Offen für jedermann soll es sein. Man kann dort nicht nur kostenlos Synthesevorschriften abrufen, sondern es gibt auch die Möglichkeit, eigene Arbeitsanleitungen hochzuladen und so der Allgemeinheit zugänglich zu machen.

Mit Unterstützung von Kolleginnen und Kollegen habe ich jetzt angefangen ein solches Portal aufzubauen. Die Adresse lautet www.synthesechemie.com, vorerst beschränken wir uns auf die anorganische Synthesechemie. Das Konzept kann aber bei Bedarf auch auf organische Verbindungen angewandt werden.

Vorläufige Kategorien zur Einteilung sind folgende:

  1. Komplexverbindungen
  2. Festkörpersynthesen
  3. metallorganische Verbindungen
  4. Ligandsynthesen
  5. Ausgangsstoffe, Laborhilfsmittel
  6. Aufarbeitung von Rückständen
Schauen Sie sich das doch einmal an. Vielleicht finden Sie dort etwas Interessantes für die eigene Arbeit. Falls nicht, sollten Sie die fehlende Synthesevorschrift so bald als möglich hochladen! Ich werde diese dann auf die Webseite stellen.

Samstag, 12. Dezember 2009

Chemiestudenten in der Öffentlichkeit

Chemiestudenten haben offensichtlich eine ziemlich schlechte Presse. Wenn der Bergriff "Chemiestudent" in einer Pressemitteilung auftaucht, dann geht es meist um Verletzungen, Verstümmelungen, Tod oder Drogenherstellung. Ein paar Beispiele an dieser Stelle:
  • "Chemiestudent von explodierendem Kaugummi getötet: Kiew, Experimente mit seinem Kaugummi haben einen Chemiestudenten in der Ukraine das Leben gekostet..." (Thurgauer Zeitung, 10. 12. 2009)
  • "Chemiestudent stellt illegal Anabolika her: Ein Chemiestudent aus dem nördlichen Landkreis Passau hat sich mit der Herstellung von Anabolika ein illegales Zubrot verdient..." (Augsburger Allgemeine vom 11. 06. 2008)
  • "Mannheim - Chemiestudent vertrieb Drogen im Internet: Nach einem Bericht von N24.de hat ein Chemiestudent aus Mannheim synthetische Drogen, die er aus China, Indien und den Niederlanden erhielt, online verkauft..." (siehe auch Meldung vom 04. 09. 2007 bei www.netzeitung.de)
  • "Das bisher größte Drogenlabor in Bayern konnten Rauschgiftfahnder des Bayerischen Landeskriminalamtes (LKA) am 26.09.06 in der Wohnung eines 24-jährigen ehemaligen Chemiestudenten in Fürth sicherstellen..." (Meldung vom 29. 09. 2006 bei www.bamberg-guide.de)
  • "Chemiestudent sprengt Plattenbau-Wohnung: Der 20Jährige wurde schwer verletzt. Er hatte offenbar zu Hause experimentiert. In Chemnitz ist ein 20jähriger Chemiestudent bei einer Explosion schwer verletzt worden. Der junge Mann hatte offenbar in seiner Wohnung mit Chemikalien experimentiert..." (Pressemeldung von AP, 30.10.2004)
  • "Helsinki - Kaufhaus-Bomber diskutierte im Netz über Sprengstoff: Der 19-jährige Chemiestudent hatte sich am Freitagabend in einem stark besuchten Einkaufszentrum in Helsinki in die Luft gesprengt. Er riss dabei sechs Menschen mit in den Tod..." (Von AFP 15. 10. 2002)
Ich weiss leider auch nicht, was man gegen dieses schlechte Image tun kann...

Freitag, 11. Dezember 2009

Anorganische Synthesechemie

Gibt es eigentlich zuverlässige Synthesevorschriften im Internet? Eine kurze Recherche ergibt Folgendes:

LambdaSyn - die deutschsprachige Synthesensammlung, mit einer Vielzahl von vor allem organischen Synthesen und einigen Naturstoffgewinnungen. Die Verbindungen sind übersichtlich nach Namen sortiert und die CAS-Registry Nummern sind auch angegeben. Es gibt noch eine ältere Version des LambdaSyn-Vorschriften als PDF-Dokument.

Folgende Diskussion bei ChemieOnline gibt ziemlich gut die Situation wieder. Dort fand ich auch einen Link zu www.sciencemadness.org/library. Diese Seite enthält überwiegend Links zu sehr alten Chemiebüchern. Darunter ist auch ein Link zu einer alten englischsprachigen Version des Brauer ("Handbook of Preparative Inorganic Chemistry", Academic Press, New York 1963). Das ist natürlich schon ein Schnäppchen! Allerdings ist mir das mit dem Copyright in diesem Fall nicht so ganz klar, also an dieser Stelle meine obligatorische Warnung: Laden Sie dieses Buch nicht herunter! Lesen Sie es auf keinen Fall!

Weiterhin gibt es noch www.versuchschemie.de, dort steht aber doch mehr der Unterhaltungswert für junge Menschen im Vordergrund. Zitat der Seitenbetreiber: "... ist Versuchschemie.de heute eine Schatzkammer für die naturwissenschaftlich interessierte Jugend."

Das Chemikalien-Lexikon bietet wie der Name schon sagt mehr allgemeine Informationen rund um chemische Verbindungen (Eigenschaften, Gewinnung, Reaktionen, Verwendung usw.).

Daneben gibt es inzwischen Tausende von Dissertationen als PDF-Dokumente online verfügbar. Obwohl diese ebenfalls von Google und anderen Suchmaschinen erfasst werden, ist es allerdings nahezu unmöglich aus diesem Fundus gezielt einzelne Vorschriften herauszusuchen.

Natürlich existieren hervorragende Synthesevorschriften von professionellen Anbietern, die haben aber ihren Preis, bzw. sind nur über eine Universtitätsbibliothek zugänglich. Da hätten wir den "Houben-Weyl", der inzwischen nur noch in Englisch erscheint und "Science of Synthesis" heisst (Preis für einen Einzelband: $3600!). Von Inorganic Syntheses sind inzwischen 34 Bände erschienen, allerdings ebenfalls in Englisch und für Preise zwischen 60 und 130 €.

Ich denke es ist Zeit für ein Internet-Portal mit Synthesevorschriften, Arbeitsanleitungen, und Versuchsvorschriften für die Anorganische Synthesechemie.

Freitag, 20. November 2009

Molybdän-Cofaktor-Defizienz

ist eine selten auftretende Erbkrankheit bei Neugeborenen. Innerhalb weniger Tage nach der Geburt haben betroffene Negeborene starke Krämpfe, schreien fortlaufend und verweigern die Nahrungsaufnahme. Ursache dafür ist ein Mangel an Molybdän-Cofaktor (MOCO, Molybdopterin). Molybdopterin reagiert mit Molybdän und aktiviert die Enzyme Sulfitoxidase, Xanthindehydrogenase und Aldehydoxidase. Wenn der Molybdän-Cofaktor fehlt, können die drei Enzyme ihre Aufgaben nicht mehr ausführen. Es kommt z.B. zu Sulfitablagerungen im Gehirn. Langfristig entstehen dadurch Hirnschäden und die Krankheit führt meist bereits im Kindesalter zum Tod. In den letzten Jahren gelang es Biochemikern vom Institut für Pflanzenbiologie der Technischen Universität Braunschweig eine Therapie gegen diese Krankheit zu entwickeln. In Australien wurde kürzlich ein Kind mit Hilfe des Wirkstoffes gerettet. Das Kind muss das Medikament sein Leben lang einnehmen, hat aber jetzt eine Chance.

Struktur von Molybdopterin

Weiterführende Informationen über die Funktionsweise molybdänhaltigerEnzyme gibt es hier (Präsentation im PDF-Format von der Universität Heidelberg).

Freitag, 13. November 2009

Enst Moritz Arndt und die Universität Greifswald

Die Universität in Greifswald trägt den Namen Ernst-Moritz-Arndt seit 1933. Die Namensgebung erfolgte auf Initiative von Hermann Göring. Der Publizist und Historiker Arndt war im 19. Jahrhundert Professor dieser Uni. In seinen Schriften findet sich antifranzösische Propaganda und er ruft zum Hass gegen die Franzosen auf. Auch antisemitische Äußerungen findet man in seinen Werken. Kein Wunder, dass die Nationalsozialisten ihn als einen ihrer Vordenker betrachteten.

Damit ist ein solcher Name für eine Universität zumindest problematisch und sorgt immer wieder für Diskussionen.

Wer mehr dazu lesen will wird hier fündig:

Auch an anderen Universitäten in Deutschland gab und gibt es jahrelanges Tauziehen um die Namensgebung. Einen kleinen Einblick in diese schwierige Materie gewinnt man aus dem hier verlinkten Spiegel-Artikel.

Montag, 22. Juni 2009

Humboldt und der Mythos der deutschen Universität

Artikel in der Zeit über die Humboldtsche Universität.

"Allein, die ... gern erzählte Humboldt-Geschichte hat sich niemals so abgespielt. Die freiheitlich forschende Universität ist eine Erfindung des 20. Jahrhunderts. Seither diente der Rekurs auf den Preußen als eine Art Allzweckwaffe, mit der Professoren meist gegen aktuelle Reformen polemisierten, heute mehr denn je. »Humboldt wurde und wird missbraucht, um Interessen durchzusetzen«, kritisiert der Bildungshistoriker Heinz-Elmar Tenorth."

"Wie früher wettert man mit Humboldt gegen die Vermassung der Universitäten, das Spezialistentum im Studium oder gegen den Versuch, den Studenten (auch) berufstaugliche Kenntnisse zu vermitteln. Schon damals waren solche Argumente elitär und rückwärtsgewandt. Heute sind sie völlig fehl am Platz. Wenn knapp 40 Prozent eines Jahrgangs studieren, muss das Bildungskonzept ein anderes sein als in Zeiten, in denen nicht einmal einer von hundert die Universität besuchte. Die überwältigende Mehrheit der Studenten will nicht Professor werden, sondern sucht – wie früher auch – eine akademische Ausbildung für einen anspruchsvollen Beruf in einem Unternehmen, in Krankenhaus, Schule oder Amtsstube."

zitiert aus: http://www.zeit.de/2009/26/B-Wilhelm-von-Humboldt

Donnerstag, 18. Juni 2009

Zufallsfund im Internet: "Gorup-Besánez' Lehrbuch der anorganischen Chemie - für den Unterricht auf Universitäten, technischen Lehranstalten und für das Selbststudium - mit Einschluss der experimentellen Technik" Bearbeitet von Albrecht Rau, Braunschweig, 1885. Vollständig eingescannt und gut lesbar im Internet Archive, American Libraries, hinterlegt.

Montag, 2. März 2009

Das beste Chemie-Zeichenprogramm der Welt

Ob C-Design dieses Programm ist, weiss ich nicht genau. Auf jeden Fall schätze ich C-Design sehr, da es die größtmögliche Vielfalt an Optionen und Möglichkeiten bietet. Seit einigen Jahren ist es als Freeware für Jedermann verfügbar. Runterzuladen auf Webseite von Dr. Eric Fontain.

Screen-Shot von der Download-Seite.

Montag, 23. Februar 2009

Etwas Chemie von Friedrich Nietzsche (aus der Götzen-Dämmerung):

”Warum so hart! — sprach zum Diamanten einst die Küchen-Kohle: sind wir denn nicht Nah-Verwandte?” Warum so weich? Oh meine Brüder, also frage ich euch: seid ihr denn nicht — meine Brüder? Warum so weich, so weichend und nachgebend? Warum ist so viel Leugnung, Verleugnung in eurem Herzen? so wenig Schicksal in eurem Blicke? Und wollt ihr nicht Schicksale sein und Unerbittliche: wie könntet ihr einst mit mir — siegen? Und wenn eure Härte nicht blitzen und schneiden und zerschneiden will: wie könntet ihr einst mit mir — schaffen? Alle Schaffenden nämlich sind hart. Und Seligkeit muss es euch dünken, eure Hand auf Jahrtausende zu drücken wie auf Wachs, — — Seligkeit, auf dem Willen von Jahrtausenden zu schreiben wie auf Erz, — härter als Erz, edler als Erz. Ganz hart allein ist das Edelste. Diese neue Tafel, oh meine Brüder, stelle ich über euch: werdet hart! — —

Gefunden bei: textlog.de

Sonntag, 22. Februar 2009

"Wenn's stinkt und kracht... Facetten populärer Chemie-Literatur"

Die Webseite von Thomas Hapke enthält einen umfassenden Überblick über deutschsprachige populärwissenschaftliche Chemieliteratur.

Dienstag, 17. Februar 2009

Die Immobilienkrise ruiniert deine HPLC

Die Immobilienkrise in den USA ist vermutlich dafür verantwortlich, dass es in letzter Zeit Engpässe bei der Lieferung von Acetonitril gab. Dieses Lösungsmittel ist nahezu unentbehrlich für alle die HPLC (high-performance liquid chromatography) betreiben. Wenn es kein oder nicht genügend Acetonitril zu kaufen gibt, entstehen also möglicherweise Probleme mit der Drogenanalytik bei Gerichtsmedizin und Dopingkontrollen, bei der Produktanalytik in chemischer Industrie und Forschungslaboratorien.

Wie kommt es zu diesem Engpass? In Chemical & Engineering News, (Ausgabe 86 vom 24. November 2008) findet man sinngemäß folgende Erklärung: Acetonitril ist ein Nebenprodukt bei der Herstellung von Acrylnitril. Letzteres wird zur Herstellung von Acrylfasern und Acrylnitril-Butadien-Styrol Harze (ABS) verwendet. Bei der Herstellung von Acrylnitril fallen etwa 2 bi 4 Liter Acetonitril pro 100 Liter Acrylnitril an. Nur ein Hersteller in den USA (Ineos) macht sich die Mühe das Acetonitril aus dem Acrylnitril-Rohprodukt zu extrahieren und dieses zu verkaufen. Die meisten Acrylnitril-Hersteller verwerten das Nebenprodukt als Brennstoff.

Der Bedarf an ABS-Harzen, die in Autos, für Gehäuse von Elektro- und Haushaltgeräten verwendet werden, ist aufgrund der weltweiten Rezession stark zurückgegangen. Die Produktion von Acrylfasern -u.a. für Material für Teppiche und Fußbodenbeläge- ist ebenfalls zurückgegangen. Wegen der verringerten Nachfrage ist die Produktion von Acrylnitril stark gedrosselt worden.

Die Chemikalienanbieter haben darauf reagiert und Lieferbeschränkungen eingeführt (siehe z.B.: Fisher, VWR, Aldrich). Man erhält vorerst nur noch soviel Acetonitril, wie man bisher durchschnittlich pro Jahr gekauft hat und die Abnehmer werden aufgefordert nach Alternativen zu suchen.

Also hier die Kausalkette noch einmal vereinfacht zusammengefasst:

  1. Der Immobilienmarkt in den USA bricht zusammen.
  2. Die Nachfrage nach Fußbodenbelag verringert sich.
  3. Die Produktion von Acrylnitril wird gedrosselt.
  4. Dadurch wird weniger Acetonitril hergestellt.
  5. Es wird schwierig chemische Verbindungen, Drogen und Pharmazeutika im Analytik-Labor nachzuweisen und zu analysieren.
Gefunden auf: Molecule of the Day

Montag, 16. Februar 2009

Für Open Access müssen die Autoren zahlen

Open Access als neues Modell für wissenschaftliche Publikationen wird von immer mehr Zeitschriften angeboten und es gibt auch gänzlich neue Zeitschriften die diese Publikationsform nutzen. Diese neue Form der Publikation ist viel versprechend, da alle über das Internet freien Zugang zu den wissenschaftlichen Artikeln haben. Allerdings muss der Aufwand den nun mal jede Redaktion oder jeder Verlag hat, irgendwie finanziert werden. Die Artikel sollen auch nicht nur für kurze Zeit im Internet auftauchen und dann wieder verschwinden, sondern eine seriöse wissenschafltiche Publikation erfordert, dass die Artikel unter ein und derselben Adresse -plus DOI (digital object identifier)- möglichst lange oder für "immer" zugänglich bleiben. Also Fragen der Datensicherheit kommen noch hinzu, die auch wieder Kosten verursachen.

Zur Zeit sieht es leider so aus, dass die Autoren häufig für die Veröffentlichung ihrer Artikel zur Kasse gebeten werden. Beispiele für diese Vorgehensweise finden wir z.B. bei Acta Cryst, Section E, Chemistry Central Journal, Research Letters in Physical Chemistry, The Open Physical Chemistry Journal, The Open Natural Products Journal und noch einige andere Zeitschriften von Bentham Science Publishers. Das sind nur einige willkürlich herausgegriffene Beispiele.

Umfassende Informationen zum Geschehen auf dem Gebiet findet man bei der Informationsplattform Open Access, eine Übersicht über open access-Zeitschriften bei DOAJ (directory of open access journals).

Donnerstag, 12. Februar 2009

Literaturverwaltung als Webapplikation - WizFolio 2.0

Hierbei handelt es sich um ein kostenloses Web-basiertes Literaturverwaltungsprogramm. Man kann sich einfach mit einer E-mail Adresse bei www.wizfolio.com anmelden und los geht es mit der Literaturverwaltung. Anderswo muss man für Literaturverwaltungssoftware mehrere hundert Euro bezahlen, hier gibt es das kostenlos und man hat von jedem Rechner der Welt aus Zugriff auf die eigenene Daten. Man kann dort auch PDF-Dokumente speichern, Links auf Webseiten setzen und eine Verknüfung mit Textverarbeitungsprogrammen soll es auch geben (habe ich noch nicht ausprobiert). Alles ist schön übersichtlich in einer Art Explorer-Fenster dargestellt: auf der linken Seite die Verzeichnisstruktur die man nach Belieben verändern kann; auf der rechten Seite die Literaturstellen, Web-Links und Dokumente.

Offene Fragen: Womit wollen die ihr Geld verdienen? Werbebanner habe ich nicht gesehen. Werden bald die Nutzer zur Kasse gebeten?

Nachteile: Der Server ist eindeutig zu langsam, es dauert häufig Minuten bis mein Wizfolio-Fenster aktualisiert wird oder neue Einträge erscheinen. Ich hoffe das wird noch besser und schneller.

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